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ゲノム解析アプリケーション
![画像1_edited.png](https://static.wixstatic.com/media/3280c3_7fd23611ea694d1fb2960388217ec074~mv2.png/v1/fill/w_456,h_87,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,enc_auto/%E7%94%BB%E5%83%8F1_edited.png)
ソクラテス
研究者自らがBioinformaticianになれるゲノム解析ソフト
![図11.png](https://static.wixstatic.com/media/3280c3_ec8a0b77dec74aae92de7a1f86fe9bf1~mv2.png/v1/fill/w_261,h_78,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,enc_auto/%E5%9B%B311.png)
![画像3.png](https://static.wixstatic.com/media/3280c3_f18d3bc842f2401cbc7dbb06da5aff92~mv2.png/v1/fill/w_240,h_198,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,enc_auto/%E7%94%BB%E5%83%8F3.png)
![画像4.png](https://static.wixstatic.com/media/3280c3_07bd3ab721454ab3b6ed80f3ff7b444a~mv2.png/v1/crop/x_281,y_0,w_2154,h_1748/fill/w_240,h_207,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,enc_auto/%E7%94%BB%E5%83%8F4.png)
Socrates(ソクラテス)はGUI操作(プログラミングが不要でマウス のみで操作)にてゲノム解析が可能なソフトウェアです。
RNA-seq解析などで、あるサンプルを抜いて解析したい、発現変動遺伝⼦の推定でカットオフ値を変更して解析したい、などの場⾯はありませんか?
共同研究者や受託業者に意図が伝わらず、⻑い時間待ち、何度もやり直しをすることは、研究遂⾏に⼤きな障害になると思います。
Socratesはそんな悩みを解決するアプリケーションです。
研究者をBioinformaticianに変えてしまうソフトが「Socrates」です。
SocratesによるRNA-seq解析
①データフィルタリング;メタ情報を参考にして、サンプル条件を選択して、解析対象を選びます(例;薬剤投与A群とB群のみ)
![図1.png](https://static.wixstatic.com/media/3280c3_9c2d29a895504757b1468b4ba5effc3a~mv2.png/v1/fill/w_377,h_207,al_c,lg_1,q_85,enc_auto/%E5%9B%B31.png)
②データの俯瞰:クラスタリングなどによってデータを俯瞰し、 除外したいサンプルなどを選びます
③比較する条件を選んで、変動遺伝子の推定を⾏います
![図3.png](https://static.wixstatic.com/media/3280c3_bdb314d20c554824ac2d24447c18a517~mv2.png/v1/fill/w_82,h_34,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/%E5%9B%B33.png)
![図2.png](https://static.wixstatic.com/media/3280c3_539009ecddb644729fa36f5806b697d9~mv2.png/v1/fill/w_302,h_168,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,enc_auto/%E5%9B%B32.png)
④変動遺伝子の推定を⾏います。FCやQ.valueなどのカットオフ値の変更も簡単にできます
⑤視覚的な把握のための作図も簡単にできます。Heatmap, Volcano plot、Gene enrichment解析の 結果が美しいFigureとして作図可能です。条件をその場で変更すれば、対応したFigureが得られます
![図4.png](https://static.wixstatic.com/media/3280c3_610845a9df4945e3b09bed84e5736532~mv2.png/v1/fill/w_82,h_33,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/%E5%9B%B34.png)
![図5.png](https://static.wixstatic.com/media/3280c3_a60c2febed7c4109848a0cf5b632e4b5~mv2.png/v1/fill/w_80,h_40,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/%E5%9B%B35.png)
![図6.png](https://static.wixstatic.com/media/3280c3_09125799df084314a29510f5bdba37dc~mv2.png/v1/crop/x_0,y_32,w_199,h_163/fill/w_63,h_51,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/%E5%9B%B36.png)
![図7.png](https://static.wixstatic.com/media/3280c3_1eb412394ec4426998cd8e57ef28911f~mv2.png/v1/crop/x_2,y_0,w_209,h_195/fill/w_54,h_50,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/%E5%9B%B37.png)
解析レポート
![図8.png](https://static.wixstatic.com/media/3280c3_91ca0eecdf7b48ab8ed580171c4a3bd1~mv2.png/v1/fill/w_88,h_52,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/%E5%9B%B38.png)
解析レポートはhtml形式で、リンクなどが埋め込まれているため、ファイルを探す手間なく、見やすい仕様になっています。
![図9.png](https://static.wixstatic.com/media/3280c3_4a684eda88b048ae904809fcdd52366d~mv2.png/v1/fill/w_64,h_52,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/%E5%9B%B39.png)
Socratesはマウス操作で、サンプルをフィルタリ ングしたり、様々な解析が可能です。
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