受託解析サービス
RNAseq 解析 (Basic Plan,  Advanced Plan) 

<特長>

・fastqファイルから遺伝子発現カウント取得、クラスタリング、比較解析、エンリッチメント解析などベーシックなRNAseq解析プラン

・オプションでスプライシングバリアント解析や融合遺伝子解析を付け加えることもできます

<解析概要>

fastqファイルのクオリティコントロール

reference genomeへのマッピング、遺伝子毎のカウントデータを取得、正規化処理

得られたカウントデータに対して、遺伝子の座標や機能、データベース毎の遺伝子IDなど種々の情報のアノテーションを実施

クラスタリング、発現変動比較解析、Gene Enrichment解析、Pathway解析、転写因子予測解析を行います。

RNAseq Basic Plan

fastqファイルから遺伝子発現カウント取得、クラスタリング、比較解析、エンリッチメント解析などベーシックなRNAseq解析プランです。

価格:20,000円/sample 

※多検体割引あり    

1次解析 

納期:2 週間

<解析仕様>

fastqファイルに対して、クオリティコントロールを行い、reference genomeへのマッピングを実施します。マッピング結果から遺伝子発現カウントを取得し、正規化処理を実施します。

<提供データ>

カウントデータ 表ファイル

正規化データ (fpkm, tpm) 表ファイル

1次解析 +2次解析 

納期:3週間

<解析仕様>

fastqファイルに対して、クオリティコントロールを行い、refarence genomeへのマッピングを実施します。マッピング結果から遺伝子発現カウントを取得し、正規化処理・クラスタリングを実施します。サンプルの群分け、比較デザインを提出していただき、発現変動比較解析後、Gene Enrichment解析、Pathway解析、転写因子予測解析を行います。

<提供データ>

発現カウントデータ、正規化データ、クラスタリング(階層クラスタリング、PCA)のFig、発現比較検定結果、MAplot, Volcano Plot, GO解析、Pathway解析、転写因子予測解析の検定結果

※転写因子予測解析はヒト、マウス、ショウジョウバエのみ対象となります

GO解析2.png

GO解析(イメージ)

GO解析1.png

GO解析(イメージ)

RNAseq Advanced Option​ ~ご要望に応じて様々なオプションを取り揃えています 

​納品物事例

 

​​下記のような提供データ、作業報告書を納品いたします。

※生物種によっては含まれないものもあります

MAplot.png

MAPLOT

主成分分析.png

​主成分分析図

発現変動遺伝子のヒートマップ.png
転写因子予測解析.png

転写因子予測解析

発現比較遺伝子のヒートマップ

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